তাঁর মৃত্যু আজও রহস্যে মোড়া। কারও মতে তাঁকে হত্যা করা হয়। তাঁর মাথার পিছনে ভারী বস্তু দিয়ে আঘাত করে তাঁকে হত্যা করা হয়েছিল।
কেউ বলেন, বালক রাজা তুতেনখামেনের মৃত্যু হয়েছিল ম্যালেরিয়ায়। কারও মতে, তাঁর সিকল সেল রোগ হয়েছিল। সেই রোগই তাঁর জীবন কেড়ে নেয়।
এমন নানা মুনির নানা মত হয়ে আজও রহস্যই রয়ে গেছে মিশরের এই অন্যতম চর্চিত ফারাওয়ের মৃত্যু। আজও এটা স্পষ্ট নয় যে তুতেনখামেনের মৃত্যু কীভাবে হয়েছিল!
তবে কয়েকজন মিশরবিদের মতে, তুতেনখামেনের মৃত্যু হয় জলহস্তীর আক্রমণে। কারও মতে তুতেনখামেনের নৌকা উল্টে দিয়ে তাঁকে হত্যা করে জলহস্তী।
কারও মতে, শিকারে গিয়েছিলেন তুতেনখামেন। তাঁর হাতে হারপুন ধরা রয়েছে এমন প্রাচীন প্রস্তরচিত্রও পাওয়া যায়। মনে করা হয় সেই শিকারের সময় কোনওভাবে তিনি শিকারটি সম্পূর্ণ করতে পারেননি। তারপরই তাঁকে আক্রমণ করে জলহস্তী। জলহস্তীর চোয়ালের শক্তিশালী কামড়ে মৃত্যু হয় বালক রাজার।
২০০৫ সালে তুতেনখামেনের মমির একটি সিটি স্ক্যান করা হয়েছিল। সেই সিটি স্ক্যানের পর বলা হয় মাথায় আঘাতের পাশাপাশি তাঁর উরুর হাড়ও ভাঙা ছিল। সেখানে পচনও ধরেছিল।
কীভাবে এমন চোট তুতেনখামেন পেয়েছিলেন তা পরিস্কার নয়। প্রসঙ্গত খ্রিস্টপূর্ব ১৩৩২ থেকে ১৩২৩ পর্যন্ত তুতেনখামেন মিশরে রাজত্ব করেছিলেন। তাঁর মৃত্যু রহস্য আজও এক ধাঁধা হয়ে রয়ে গিয়েছে।